--- a/scripts/Makefile	2011-12-16 18:49:26.000000000 -0800
+++ b/scripts/Makefile	2017-05-16 16:05:48.697853000 -0700
@@ -37,56 +37,56 @@
 #-- not so PHONY rules --#
 exact-tandems: exact-tandems.csh
 	$(SED)  -e 's?__CSH_PATH?$(CSH)?g' \
-		-e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
-		-e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
+		-e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
+		-e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
 		exact-tandems.csh > $(BIN_DIR)/exact-tandems
 	chmod 755 $(BIN_DIR)/exact-tandems
 
 mapview: mapview.pl
 	$(SED)  -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
-		-e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
+		-e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
                 mapview.pl > $(BIN_DIR)/mapview
 	chmod 755 $(BIN_DIR)/mapview
 
 mummerplot: mummerplot.pl Foundation.pm
 	$(SED)  -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
-                -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
-                -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
+                -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
+                -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
                 mummerplot.pl > $(BIN_DIR)/mummerplot
 	chmod 755 $(BIN_DIR)/mummerplot
 
 dnadiff: dnadiff.pl Foundation.pm
 	$(SED) -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
-               -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
-               -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
+               -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
+               -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
                  dnadiff.pl > $(BIN_DIR)/dnadiff
 	chmod 755 $(BIN_DIR)/dnadiff
 
 nucmer: nucmer.pl Foundation.pm
 	$(SED)  -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
-                -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
-                -e 's?__AUX_BIN_DIR?$(AUX_BIN_DIR)?g' \
-                -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
+                -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
+                -e 's?__AUX_BIN_DIR?$(INSTALL_AUX_BIN_DIR)?g' \
+                -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
                  nucmer.pl > $(BIN_DIR)/nucmer
 	chmod 755 $(BIN_DIR)/nucmer
 
 promer: promer.pl Foundation.pm
 	$(SED)  -e 's?__PERL_PATH?$(PERL)?g' \
-                -e 's?__SCRIPT_DIR?$(SCRIPT_DIR)?g' \
-                -e 's?__AUX_BIN_DIR?$(AUX_BIN_DIR)?g' \
-                -e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
+                -e 's?__SCRIPT_DIR?$(INSTALL_SCRIPT_DIR)?g' \
+                -e 's?__AUX_BIN_DIR?$(INSTALL_AUX_BIN_DIR)?g' \
+                -e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
                 promer.pl > $(BIN_DIR)/promer
 	chmod 755 $(BIN_DIR)/promer
 
 run-mummer1: run-mummer1.csh
 	$(SED)  -e 's?__CSH_PATH?$(CSH)?g' \
-		-e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
+		-e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
 		run-mummer1.csh > $(BIN_DIR)/run-mummer1
 	chmod 755 $(BIN_DIR)/run-mummer1
 
 run-mummer3: run-mummer3.csh
 	$(SED)  -e 's?__CSH_PATH?$(CSH)?g' \
-		-e 's?__BIN_DIR?$(BIN_DIR)?g' \
+		-e 's?__BIN_DIR?$(INSTALL_BIN_DIR)?g' \
 		run-mummer3.csh > $(BIN_DIR)/run-mummer3
 	chmod 755 $(BIN_DIR)/run-mummer3